Бухгалтерия для медицинского центра в Казахстане: НДС, ОСМС и учёт клиники

НДС для клиники в 2026 и 2027 годах

С нового Налогового кодекса медицина перестала быть целиком освобождённой от НДС. Теперь у клиники-плательщика НДС до трёх видов оборотов с разными ставками.

Перечни освобождённых услуг и лекарств утверждены постановлением Правительства от 31 декабря 2025 года. И освобождение, и пониженная ставка работают только для субъекта здравоохранения с лицензией на медицинскую деятельность. Услуга, которой нет в приложении к лицензии, облагается по 16%, даже если по сути она медицинская.

Всё это касается плательщиков НДС. Клиника на упрощённой декларации с 2026 года плательщиком НДС не является. На общеустановленном режиме обязательная постановка на учёт наступает, когда оборот за год превышает 10 000 МРП (43,25 млн ₸ в 2026 году); о моменте постановки подробно в статье о пороге НДС.

Ставки ещё обсуждаются. В августе 2026 года на Проектном офисе по внедрению Налогового кодекса НПП «Атамекен» предлагала полностью освободить медуслуги от НДС, рассматривалась и единая ставка 5% на лекарства и медизделия. Решения нет, в силе ставки из Кодекса: 5% в 2026 году и 10% с 2027 года.

Раздельный учёт в клинике

Если клиника работает и по ОСМС, и с платными пациентами, раздельный учёт обязателен. Иначе невозможно правильно посчитать ни НДС к уплате, ни НДС к зачёту.

Что разделяется:

• Прайс-лист. Каждая позиция отнесена к группе: освобождённая, 5%, 16%. Консультация терапевта по направлению поликлиники и та же консультация платно это два разных оборота.
• Выручка. В медицинской информационной системе, в кассе и в 1С одни и те же группы. Если МИС выгружает выручку одной суммой, разделить её в бухгалтерии задним числом нельзя.
• Входящий НДС. По освобождённым оборотам в зачёт не берётся. По общим расходам (аренда, коммунальные, оборудование, IT) распределяется пропорционально доле облагаемых оборотов.
• Медикаменты и расходники. То, что ушло на пациентов по ОСМС, и то, что ушло на платных, списывается раздельно.

Поэтому работу с клиникой разумно начинать с того, чтобы пройти прайс построчно вместе с приложениями к лицензии. На этом этапе обычно и выясняется, какие услуги оказываются, но в лицензии не значатся.

Доходы от ФСМС: как они учитываются

Деньги от Фонда социального медицинского страхования это выручка клиники по договору закупа медицинских услуг, а не субсидия. По НДС она освобождена, по КПН (или по упрощённой декларации) облагается как обычный доход.

Особенности этого дохода:

• Признание. Выручка признаётся по месяцу оказания услуг, по счёт-реестру, а не в день поступления денег. Деньги приходят позже, после проверки реестра.
• Снятия. По итогам мониторинга качества Фонд может не оплатить часть случаев. Сумма в реестре и сумма на счёте расходятся, и разница отражается в учёте с причиной: дефект оформления, отказ по экспертизе, снятие по срокам.
• Платёжный календарь. Зарплату и налоги за месяц, когда пациенты обслуживались по ОСМС, вы платите раньше, чем приходят деньги Фонда. Этот лаг закладывается заранее.
• Себестоимость. Тарифы Фонда фиксированы. Понять, выгодно ли конкретное направление по ОСМС, можно только зная его себестоимость: время врача, расходники, амортизация аппарата УЗИ или МРТ, доля аренды.

Многие клиники заходят в ОСМС ради потока пациентов и через год обнаруживают, что часть направлений по тарифу работает в минус. Без себестоимости по видам услуг этого не видно.

Лицензия и что с ней связано в учёте

Медицинская деятельность лицензируется, и лицензия выдаётся с приложениями на подвиды. Именно приложения определяют, какие услуги клиника вправе оказывать как медицинские. Для бухгалтерии это не формальность: от них зависит ставка НДС по каждой строке прайса.

Если при клинике работает аптека или пункт отпуска лекарств, нужна отдельная фармацевтическая лицензия. Лаборатория, рентген, дневной стационар, выезд на дом требуют своих подвидов.

На стыке юридического и бухгалтерского участков проверяется: совпадает ли прайс с приложениями к лицензии, действуют ли сертификаты специалистов, которые оказывают услуги, и правильно ли оформлены договоры с пациентами и информированные согласия.

Учёт медикаментов и расходников

Медикаменты и расходники в клинике учитываются как запасы, но с отраслевыми особенностями.

• Приход. Лекарства и медизделия закупаются с НДС 5% или без НДС, если они в перечне освобождённых. Это меняет сумму входящего налога к зачёту.
• Списание по назначению. Препарат списывается на конкретную услугу или пациента по данным МИС. По услугам ОСМС это ещё и подтверждение для Фонда.
• Сроки годности. Просроченные препараты списываются актом с причиной и передаются на утилизацию специализированной организации. Расход признаётся, если документы оформлены полностью.
• Наркотические и психотропные препараты. Отдельный порядок хранения и учёта, отдельные журналы, ответственное лицо по приказу.
• Инвентаризация. Сверка фактических остатков в кабинетах и на складе с учётными не реже раза в квартал. В медицине расхождения по расходникам обычное дело, и находить их лучше самим.

Касса и приём оплат

Каждая оплата от пациента проходит через онлайн-ККМ с чеком, независимо от способа: наличные, карта, Kaspi QR. Чек выбивается на ту услугу и по той ставке НДС, которая указана в прайсе.

Типичные места, где у клиник расходится касса:

• Переводы на личную карту. Пациент перевёл администратору или врачу «за приём». Это выручка клиники без чека, и в учёте её нет.
• Пакеты и абонементы. Чекап, ведение беременности, курс процедур оплачены вперёд. Это аванс: услуги ещё не оказаны, и выручка признаётся по мере визитов.
• Возвраты. Отмена процедуры после оплаты оформляется чеком возврата, а не наличными из кассы.
• ДМС. Страховые компании платят безналом по реестрам, с ними ежемесячная сверка, как с Фондом.

Раз в день сверяются три источника: МИС (сколько приёмов), касса (сколько чеков), банк (сколько поступило по эквайрингу). Расхождение, найденное в тот же день, решается одним звонком.

Врачи: трудовые договоры, совместительство, проценты

Кадровый участок в клинике сложнее, чем в обычной компании, и напрямую влияет на налоги.

Совместительство. Многие врачи работают в нескольких местах. Внутреннее и внешнее совместительство оформляется по Трудовому кодексу, с отдельным табелем. Как устроены зарплатные налоги и отчисления, разобрано в статье о первом сотруднике.

Оклад плюс процент. Распространённая схема: фиксированная часть и процент от выручки по пациентам врача. Для расчёта нужна выгрузка из МИС, которая сходится с бухгалтерской выручкой. Если в МИС у врача 120 приёмов, а в кассе чеков на 110, процент считается неправильно с одной из сторон.

Врачи на ИП и ГПХ. После появления НДС для медуслуг часть клиник стала переоформлять врачей на договоры с ИП. Если врач принимает по графику клиники, в её кабинете, на её оборудовании и её пациентов, это трудовые отношения, и налоговая переквалифицирует договор с доначислением налогов и взносов. Такую схему мы не строим. Договор с ИП уместен для приглашённого специалиста с собственной практикой, который консультирует у вас несколько раз в месяц.

Сертификаты. Врач оказывает услуги при действующем сертификате специалиста по нужной специальности. Сроки сертификатов отслеживаются вместе с кадровыми документами: это и лицензионное требование, и обоснование расходов на оплату его работы.

Для медицинского бизнеса мы работаем как внешний финансовый контур: бухгалтерия, кадры и юридическая часть ведутся одной командой, поэтому прайс, лицензия, касса и НДС сверяются между собой, а не каждый своим человеком. Такой формат рассчитан на клинику или медцентр с персоналом и постоянным потоком пациентов. Частному кабинету одного врача он избыточен.

Короткие ответы на частые вопросы